Akademický senát ČZU má 33 členů volených z řad Akademické obce ČZU, kdy každá fakulta je zastoupena třemi senátory z řad akademických pracovníků a dvěma senátory z řad studentů (v případě IVP a Katedry tělesné výchovy je zastoupení odlišné). V čele AS ČZU stojí předseda volený vždy z řad senátorů.
Akademický senát fakulty (dále AS FLD) se skládá z členů z řad Akademické obce FLD. AS FLD je volen Akademickou obcí FLD. Mimo jiných činností AS FLD schvaluje podmínky pro přijetí ke studiu ve studijních programech uskutečňovaných na fakultě; na návrh děkana rozhoduje o zřízení, sloučení, splynutí, rozdělení nebo zrušení fakultních pracovišť; usnáší se na návrhu jmenování děkana (případně i odvolání z funkce); aj.
Akademická obec ČZU zahrnuje všechny akademické pracovníky a řádně zapsanými studenty ČZU. Svolává se k projednání významných záležitostí, informací nebo opatření. Právo svolat shromáždění Akademické obce ČZU má rektor nebo předseda Akademického senátu ČZU. Akademická obec ČZU volí AS ČZU.
Akademická obec FLD je tvořena akademickými pracovníky a řádně zapsanými studenty FLD. Akademická obec FLD volí AS FLD.
REKTOR stojí v čele univerzity, prezentuje ji a zastupuje na veřejnosti. Jmenován je prezidentem republiky na návrh Akademického senátu ČZU (AS ČZU).
PROREKTOŘI zastupují rektora v rozsahu, kterým je pověří. Prorektory jmenuje a odvolává rektor po vyjádření AS ČZU dle zákona. Rektor také určuje, který prorektor jej bude zastupovat v době jeho nepřítomnosti.
KVESTOR má na starosti ekonomické a administrativní záležitosti celé univerzity.
DĚKAN stojí v čele fakulty a má na starosti vedení dané fakulty. Děkan za svou činnost odpovídá AS FLD.
TAJEMNÍK má na starosti ekonomické a administrativní záležitosti fakulty.
PRODĚKAN je jmenován děkanem; podobně jako prorektoři rektorem. Stejně tak je jmenován pro různé oblasti (např.: proděkan pro vědu a výzkum, …)
KATEDRA je organizační jednotkou a vědeckým pracovištěm, které je zaměřeno na příbuzné či velmi blízké obory. Sdružuje pedagogy, kteří vyučují příbuzné/podobné předměty.
VEDOUCÍ KATEDRY řídí katedru, zajišťuje plnění studijních plánů a také řeší výzkumnou činnost katedry.
GARANT STUDIJNÍHO PROGRAMU zastupuje daný studijní program, pro který je odborníkem a zajišťuje přípravu a kvalitu tohoto studijního programu.